于明坚，主要从事植被生态学、生物多样性、群落生态学、岛屿生物地理学和景观生态学等研究工作。先后主持和承担国家自然科学基金、“973”专题、科技部支撑计划专题、浙江省自然科学基金重点项目和人才项目等各类项目30多项，发表论文80多篇，作为主编、副主编或编委参编著作7部、教材2册。基于大型森林动态样地的生态学与生物多样性长期研究为全球热点，是探索生物多样性维持和物种共存机制十分理想的平台。自2004年开始，中国科学院生物多样性委员会牵头建立了中国森林生物多样性监测网络，2005年与浙江大学等单位合作在浙江古田山国家级自然保护区建立了一个24公顷的原生常绿阔叶林动态样地，本人作为项目负责人之一参与了该项工作，与学生一道为样地的建设做出了重要贡献。近年来课题组的有2篇论文在国际顶尖生态学刊物Ecology上发表，成为我校生态学国家重点学科和野生动植物保护生物学教育部重点实验室的标志性成果之一。
生境片段化和生物入侵是导致生物多样性丧失的重要因素。水库大坝建设形成的陆桥岛屿，被认为是进行生境片段化研究的“实验性”野外研究地，而拥有1000多个岛屿的千岛湖更是全球罕见的理想研究平台。浙江大学生态研究所在千岛湖建立了千岛湖生态学野外科学观测研究站，进行生境片段化效应、岛屿生物地理学、食物网、生物多样性与生态系统功能等长期研究。其中，调查了150多个岛屿上的植物物种多样性，在29个样岛上建立了长期监测样地，推动了千岛湖生境片段化科研教学基地的建设和发展，并与国外多家相关实验室建立了良好的合作关系，已在Journal of Biogeography、Landscape Ecology、PLoS ONE和Diversity and Distributions等刊物上发表了高水平的论文。同时，在对松材线虫入侵马尾松林后群落动态的研究中，也取得了很好的成果，已有论文在Biological Invasions和PLoS ONE等刊物发表。
生物多样性与生态系统功能研究是当今生物多样性与生态学领域的热点之一，在古田山周边实施的、由中国、德国和瑞士等生态学家共同承担的全球最大的生物多样性与生态系统功能大型实验项目—中欧国际合作项目"The role of tree and shrub diversity production, erosion control, element cycling, and species conservation in Chinese subtropical forest ecosystems"，本人是中方PI之一，并对项目的顺利实施做出了一定的贡献。
同时，本人推动生命科学学院在玉环县漩门湾国家湿地公园建立了“浙江大学生命科学学院—玉环经济开发区管委会漩门湾湿地生物多样性研究基地”，主要任务是进行滨海湿地生物多样性长期监测。推动生命科学学院和浙南-台湾生物与生态工程研究中心在温州乌岩岭国家级自然保护区建立了“中国乌岩岭生物多样性研究基地”，以9公顷次生常绿阔叶林动态样地为平台监测次生常绿阔叶林动态。另还推动浙江省10多个自然保护区建立1公顷的森林动态样地，旨在研究不同森林群落类型对全球变化的响应。
此外，本人还在生物多样性保护、自然保护区和湿地公园的管理、滩涂围垦等对生态系统的影响、退化植被生态恢复、建设项目的生态影响评价、生态建设规划等领域做了大量的研究和服务工作。
