卫军教授长期致力于土木工程领域中混凝土材料性能、混凝土及预应力混凝土结构性能研究等方面的科学研究和教学工作。先后主持和参与了国家级和其他科学研究项目50余项，参与了数十项工程结构设计、技术咨询等工作；获得过教育部首届青年骨干教师资助计划、教育部重点项目基金、国家“863”计划、国家自然科学基金（面上和重点）、铁道部重大专项、交通部西部科技计划等一系列国家级基金的资助。至2013年4月底，在国内外公开发表科研论文180余篇，其中有60余篇次分别被SCI、EI、ISTP等索引所收录。获得软件著作权2项，获得发明专利授权3项（1项排名第1、1项第2、1项第5）和1项实用新型专利。曾获得河南省1993年度科技进步三等奖一项（排名第一）。出版学术著作2部、主编本科生教材1部。
